FRIE SKOLERS LEDERES højeste myndighed er generalforsamlingen. Foreningens generalforsamling vælger bestyrelsesmedlemmerne. Bestyrelsen består af op til 10 medlemmer samt formand og næstformand.
Bestyrelsen konstituerer en formand og næstformand som vælges på generalforsamlingen. Den daglige politiske ledelse varetages af formand, Brian O. Bastiansen, og næstformand, Jeppe Møller Tobberup.
Formand Brian O. Bastiansen, Hjemly Fri- og Idrætsefterskole
Næstformand Jeppe M. Tobberup, Helsinge Realskole
Bestyrelsesmedlem Henrik Langer Carlsen, Ådalens Privatskole
Bestyrelsesmedlem Dan Simonsen Christiansen, Stige Friskole og Børnehave
Bestyrelsesmedlem Thomas Wenzell Aziz, Sorø Privatskole
Bestyrelsesmedlem Signe Bramsen, Privatskolen Als
Bestyrelsesmedlem Käte Dybdahl, Kochs Skole
Bestyrelsesmedlem Jane Vibjerg, Levring Efterskole
